荧光定量PCR是在PCR扩增反应体系中加入荧光基团，通过实时检测扩增反应中每个周期产物的荧光信号，然后通过标准曲线定量分析未知模板的方法。以探针法荧光定量为例：在PCR扩增中，加入一对引物，并加入一个特异的荧光探针。探针两端分别标记有报告荧光基团和猝灭荧光基团。

　　荧光探针组的荧光信号在扩增开始时被任何一组荧光探针所阻断，荧光信号被荧光探针*阻断，从而使荧光监测系统能够接收到荧光信号，即每个扩增出的DNA链中，都有一个荧光分子形成，使荧光信号的积累与PCR产物的形成*同步。

　　关于荧光定量PCR的应用分析：

　　1、核酸定量分析：对传染性疾病进行定量定性分析，病原微生物或病毒含量的检测,转基因动植物基因拷贝数的检测，RNAi基因失活率的检测等。

　　2、基因表达差异分析：比较经过不同处理样本之间特定基因的表达差异(如药物处理、物理处理、化学处理等)，特定基因在不同时相的表达差异以及CDNA芯片或差显结果的确证

　　3、SNP检测：检测单核苷酸多态性（SNP）对于研究个体对不同疾病的易感性或对特定药物的不同反应具有重要意义。由于SNP的结构简单，一旦知道SNP的结构和信息量，采用这种技术进行高通量的SNP检测将会变得简单而准确。

　　4、甲基化检测：甲基化与许多人类疾病有关，尤其是癌症。DNA在扩增前经过处理，使未甲基化的胞嘧啶变成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶则不受影响。用特异性引物和TaqMan探针区分甲基化和非甲基化DNA，不仅简便而且灵敏。

　　5、产前诊断：人们不能治疗由遗传物质变化引起的遗传病。到目前为止，我们只能通过产前监测来减少病儿的出生，从而预防各种遗传病的发生，从母体外周血中分离胎儿DNA，用实时荧光定量PCR检测Y性别决定区基因是一种无创的方法。